建文三年十二月十二日，朱棣誓师南征，此时的北方已经没有能阻拦燕军的官军，损兵折将的盛庸于德州还未恢复元气，何福的五万南兵水土不服不耐寒冷，驻守在济南城外。
半个月后，燕军避开了真定和德州的守军，从二者间隙直插山东进入淮北，朱棣派出李远等大将带领数千骑兵侦查官军动静，清扫道路。
官军的疲弱有些出乎朱棣预料，前军大将朱能首先一战击败官军指挥贾荣，斩杀七百人，擒获兵马二千。
李远八百骑兵偷袭从德州渡河北上的都指挥葛进的万人，官军下马渡河，把马匹放在最后，眼见李远也下马邀战，官军见燕军兵少，不免有些轻视，葛进大吼一声率先冲杀过来，李远带人转身撤退，立功心切的官军穷追不舍。
这时候二百燕军潜入敌后斩杀守卒，把马匹全部放跑，李远随即开始反攻，官军不敌往后退却，发现马匹都不见了，一时间军心大乱，李远带兵乘势冲杀，一仗斩首四千余级，许多军士溺水而亡，不少马匹落入燕军手里，葛进仅以身免。
两战两胜，使得朱棣极为高兴，尤其是以八百兵力大破万人的李远立下大功，所部将士加以褒奖，前军都指挥以下军校皆升一级。
得知盛庸的兵力不过三四万，根本无力进犯河北，而大将瞿能因伤病死，陈晖去了西北募兵，铁铉困在济南城内，没了顾忌的朱棣遂带兵锐意南进，攻克馆陶渡过卫河抵达东阿，拔东平，陷汶上，一路望风披靡所至克捷，绕过孔子老家曲阜，两日即攻破重镇东平，守将指挥詹璟兵败被擒，知州等文官逃得无影无踪了。
建文初年被贬的东平小吏郑华等人，坚守瓮城死战不退，城破后绝食五日而死。
正月十五日，燕军攻下沛县，颜真卿的后人知县颜环留下一首绝命诗后，自刎于老父亲身边。主簿廖子清、典史黄谦誓死不降，二人从容赴难。
燕军继续进攻徐州，支将王聪进攻萧县，知县郑恕城破殉难。徐州乃南北咽喉之地，城内兵精粮足，向来易守难攻。
不知为何，高歌猛进的燕军没带来威力巨大的新式火炮，张辅的神机营被留在了河北。
因此尽管朱棣连番使用计谋，也未能拿下徐州，停留一个月后开赴宿州，宿州是燕王外祖父徐王的老家，徐王姓马，乃高皇后马氏的父亲。
眼看宿州近在眼前，朱棣告诫全军将士那里有外祖坟地，不得骚扰，因朱棣一向自称高皇后嫡生，再次严令部下和百姓秋毫无犯，派都指挥女婿李让前往祭奠，厚赐徐王亲族。
宿州也因此没有抵抗，燕军穿过宿州引徐州兵马追来，留下都指挥金铭迎敌，金铭于河边设下埋伏，但不慎惊到了官军，官军随即展开反击，金铭见状赶忙带兵逃回河对岸，徐州守军眼睁睁目送燕军离开，没有军令只得无奈返回。
燕军继续前进蒙城，驻于涡河。铁铉得知燕王南进的意图，调集多地守军仓促组织了四万人前来堵截。
为了争取民心，八万燕军几乎很少劫掠百姓粮食，后方的补给无法输送，是以携带的粮食吃的差不多了，埋伏多日不见官军踪迹，诸将沉不住气，纷纷请求回军，朱棣则坚决不同意，否决了调大连徐灏率领船队载满物资赶来支援的提议。
五天后，没了粮食的燕军大败四万官军，于小河斩杀官军两万，擒获将领丁良和朱彬，残余官军退回南岸，迎来盛庸的主力四万人，合兵一处。
燕军获得官军遗留下的粮食，得以饱腹，而官军则没了粮食，不得已只能采摘野菜充饥。
二十二日，两军在齐眉山发生了一场激战，互有伤亡，忽然大雾弥漫，战场上难辨敌我，于是双方各自收军还营。
盛庸有感兵力逊于燕军，采取步步为营的战法，每天挖壕沟以御燕军，往往通宵修筑好的壕垒即将完成，就得放弃起兵追逐燕军往前，等燕军列阵，又得慌忙后退十里地继续挖土，为此士兵疲惫不堪，战力大受影响。
反观燕军行军不挖堑壕，不筑营垒，只是分布队伍，列戟为门，因此将士可以得到充分休息。
不过盛庸没让燕军占到任何便宜，沉着指挥冷静应战，以疲惫之师牢牢牵制敌人。朱棣除非狠下心决战，不然奈何不了官军。
燕军长驱而南下，深入京畿中心地区，所遇到的阻力越来越大。又累又饿的盛庸军半个月后终于得到周围府县的粮饷供应，后继援军源源不断的赶来，每过一日，双方的差距渐渐拉平乃至很快朝着官军一方倾斜。
与此同时，徐灏乘船抵达北平，对着失去燕王消息的谋士官员大发雷霆，怒斥顾成等将领无能，他官职最高没有人敢出言辩解，灰溜溜的被撵了出去。
徐灏留下解缙和杨士奇，对着朱高炽和姚广孝说道：“就这么傻坐着？什么都不做？”
朱高炽苦笑道：“父王临走时严令守住北平，还能怎么办？”
徐灏没好气的道：“出兵将近三个多月了，孤军在外万一战败怎么办？起码派遣一支军马前往助战，提供军需粮草。眼下四方没有人能威胁到北平，坐在这里只能证明你无能。”
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