尽管明知若接受议和，就能立即把部队从困境中解脱出来，但兆惠仍按照乾隆的既定政策，在回信中向布拉尼敦表明态度，即朝廷这次兴兵，就是为了讨伐霍集占，布拉尼敦本不在被问罪之列，然而若是他想要议和，就必须将霍集占等人“一并擒献”送来，以示诚意。
兆惠在将回信交给来使的同时，还特地让他将乾隆的相关谕旨捧去给布拉尼敦阅看。布拉尼敦接到回信和谕旨后，就没了下文——这并不奇怪，他们兄弟二人早已联合成一体，议和都是两人共同议定好的，布拉尼敦当然不可能擒捉霍集占。
在议和未成的情况下，布拉尼敦将大队撤回喀什噶尔，用于对付布鲁特人，霍集占则率本部兵马继续对黑水营进行围困。自此之后，双方已经没有大的交战了，其实就是互相干耗着，看究竟谁耗得过谁，如果谁先支持不住倒下去，那么另外一个自然获胜。
和兆惠拼意志力，或者说与此人比约束部下的严苛程度，布拉尼敦和霍集占兄弟实在是找错了对象。一年前的伊犁突围，早已证明兆惠不但能打硬仗，而且特别擅长打苦仗、恶仗，甚至是绝处逢生的仗。
黑水营前前后后被困了整整三个月，兆惠和将士们就硬熬了三个月，其间不管发生什么困难，哪怕接近山穷水尽，都没有能够动摇他们固守待援的决心。
关于黑水营之役，清代笔记中的一段记载堪称黑历史，上面说兆惠军在被围后断粮，饥饿难忍的官兵竟然“掠人充食”，也就是抓获当地的平民，宰杀了充当粮食。这种骇人听闻的事情，其实是应该严肃谨慎的调查取证，才能够诉诸于历史记录之上的，然而，由于相关资料的缺乏，这件事情的真伪实在是难以辨识，不过有学者也认为，若认真推敲，这种说法其实并不可信，因为战前霍集占就已经将城外的回人和粮食全部移入城内，兆惠军的官兵又到哪里去掳掠回人？
再者，黑水营之围与库车之围不同，敌军基本将黑水营围得密不透风，自被围后，兆惠与阿克苏方面的联络就完全中断了，倘若清军能够轻轻松松地冲出去掳掠回人，兆惠恐怕早就让他们去阿克苏报信了，又何至于要写五份同样的告急文书，专门选派五名信使分路突围？黑水营之围时，正值鄂对等人接受和阗六城的招抚，他们曾尝试派人前来与兆惠军接头，却发现包围着黑水营的回军营垒里三层外三层，且“互相结寨放枪”，根本无法进入，这也可以间接证明当时被围困的严实程度。
事实上，兆惠军从未完全断粮，否则他们不可能坚持那么长的时间，在布拉尼敦和霍集占兄弟提出议和时，兆惠的态度也不可能那么坚决。就像人们后来所评论的那样，吉人自有天相，兆惠军在黑水营得到了上天的不少眷顾，其中之一就是意外地得到了一批粮食：扎营时，他们在施工的二十余处地方都挖出了粮食，每处都有一两石米。
当地的百姓确实有掘地藏粮的习惯，据说是过去为逃避准噶尔搜括所形成的，老百姓通常将余存的粮食埋于地下，需要的时候再挖出来吃。虽说这在南疆并不稀奇，不过能这么巧，正好埋在兆惠军的扎营地点且被官兵挖出，则不能不说是一个奇迹。兆惠军在建营前，军粮就已经够支撑一两个月，再加上多出来的这批粮食以及必要时可宰食的马驼，不能说让大家吃饱吃好，但起码能维持着官兵们的生命和战斗力，使部队不致垮掉。
除此之外，黑水营还有其他“灵迹”相助。营地距叶尔羌河虽然仅有两里之遥，但在遭到铁桶式包围的情况下，官兵们都不可能到河边打水，否则只会增加无谓的伤亡。在营中的储备水以及敌军为灌营所“送”的水快用光的时候，兆惠一度也很着急犯愁，“初忧乏水”，大家试着在营地内掘井，还以为可能要费一番周折，结果随地一掘，泉水就汩汩地冒了出来，水源问题迎刃而解。
要想守住黑水营，不仅得坐地固守，还须时时抓住机会进行反击，缺乏弹药则很难做到这一点。兆惠军的弹药本来在被围之初就不足了，但这个时候敌人却帮助他们解了燃眉之急。
敌军进攻黑水营时一般不敢近身用冷兵器搏杀，都是隔着一定距离用鸟枪朝营内放枪。当时鸟枪所用的弹丸是铅丸，打出去以后捡回来还能再用，黑水营处于林中，这些铅丸大多没有打到清军，而是镶嵌在树木上或落到了枝叶间。清军伐木做饭，每砍伐一棵树，铅丸就落下一大堆，最终他们获得的铅丸竟达数万颗之多，于是他们“反用以击贼”，再不用担心弹药不够了。
“灵迹”也被兆惠有意识地用来对敌方进行夸大宣传，以打击其围困黑水营的信心和士气。后来有一位从叶尔羌城逃出的当地人就曾听人说，兆惠军共掘得粮食“一百六十窖，收马千余匹，驼千余只”，这显然都是兆惠故意放出的风声，其中挖掘到粮食虽是事实，但数量却被夸大了许多倍，所谓收得一千匹马、一千峰骆驼纯属子虚乌有，至少也是夸大其词。
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